Malgré que s’emploie bien dans la langue soutenue, mais seulement avec le verbe avoir conjugué au subjonctif. Malgré que j’en aie, quelque mauvais gré, si mauvais gré que j’en aie ; en dépit de moi, de ma volonté : Je reconnais les mérites de mon rival, malgré que j’en aie ; Malgré qu’il en ait, nous savons son secret ; Elle ne put cacher son dépit, malgré qu’elle en eût.

En revanche, encore que de nombreux écrivains aient utilisé la locution conjonctive Malgré que dans le sens de Bien que, quoique, il est recommandé d’éviter cet emploi.